Несмотря на реализацию множества успешных проектов, правление автономной некоммерческой организации «Красноярский городской инновационно-технологический бизнес-инкубатор» не смогло признать работу бизнес-инкубатора удовлетворительной.
3 марта 2010 года на заседании Правления после обсуждения результатов работы Красноярского бизнес-инкубатора на голосование был вынесен вопрос о признании деятельности АНО «КГИТБИ» удовлетворительной. Три члена правления проголосовали за одобрения деятельности бизнес-инкубатора. Представители же администрации города Красноярска Борисова Н.А., Зеленская Т.В. (последняя голосовала еще и по доверенности представителя администрации Васильева М.Г.) тремя голосами проголосовали против признания деятельности бизнес-инкубатора удовлетворительной. Тем самым правление разделилось поровну, причем представители администрации города Красноярска, как одного из учредителей этой некоммерческой организации, оценили негативно деятельность бизнес-инкубатора.
Стоит отметить, что в 2009 году из-за позиции департамента экономики администрации города Красноярска, городской бизнес-инкубатор оказался на грани банкротства. Из-за отсутствия необходимых средств с августа 2009 года были прекращены платежи, в том числе заработная плата сотрудникам бизнес-инкубатора.
По мнению депутата городского Совета Андрея Селезнева сложившаяся ситуация с Красноярским бизнес-инкубатором требует вмешательства городского Совета. «В ходе знакомства с работой Красноярского бизнес-инкубатора я убедился, что он на самом деле является площадкой инновационного развития, которая, к сожалению, может в ближайшее время исчезнуть. И мне не понятна позиция администрации города в этой ситуации. С одной стороны департамент экономики постоянно твердит о необходимости поддержки инноваций в экономике, с другой – устраивает пока не понятные игрища вокруг бизнес-инкубатора, которые могут привести только к банкротству этого учреждения, а значит, как минимум, к неэффективному расходованию бюджетных средств. Поэтому я предложил рассмотреть вопрос о деятельности АНО «КГИТБИ» на заседании постоянной комиссии по бюджету и собственности», – заявил депутат.