По данным Управления Росприроднадзора по Красноярскому краю ОАО «Красноярский речной порт» является постоянным источником загрязнения реки Енисей. Данное обстоятельство выявлялось в ходе как плановых, так и не плановых поверок предприятия.

В 2010 году в ходе плановой проверки был выявлен несанкционированный сброс в реку Енисей из подземной галереи с территории грузового района «Злобино» воды с превышением нормативов предельно-допустимых концентраций вредных веществ в водах водных объектов рыбохозяйственного значения по целому ряду загрязняющих веществ.   Тогда ОАО «КРП» и главный инженер предприятия были оштрафованы на общую сумму в размере 33 тыс. рублей. Штрафы были оплачены в полном объеме.

Кроме того, по фактам загрязнения реки Енисей нефтепродуктами в пределах акватории, используемой ОАО «КРП» в 2010 году были выполнены две внеплановых проверки: в марте-апреле – на основании телефонограммы от 17.03.2010 г. оперативного дежурного ЛОВД в порту г. Красноярска и в ноябре-декабре – на основании телефонограммы от гр. Рукосуевой Антонины Ильиничны. В ходе проверок указанные факты подтвердились. 

Еще в марте 2010 года ОАО «КРП» было выдано предписание об установке в месте выхода нефтесодержащих вод из-под причальной стенки кассеты, заполненной сорбентом, с целью предотвращения поступления нефтепродуктов в реку Енисей. Однако, в декабре Росприроднадзор вновь был вынужден привлечь к административной ответственности предприятие и его главного инженера по факту загрязнения реки Енисей нефтепродуктами. 
Стоит отметить, что всплеск жалоб в 2010 году на предприятие совпал со сменой руководства речного порта. 5 марта 2010 года директором предприятия был назначен протеже ОАО «ГМК Норильский никель» Андрей Сураев. В это же время начались проблемы с исполнением природоохранного законодательства. Совпадение ли это, или результат целенаправленной политики нового руководства сказать пока трудно.